Please use this identifier to cite or link to this item: https://doi.org/10.15480/882.1201
Title: Construction and verification of the transcriptional regulatory response network of Streptococcus mutans upon treatment with the biofilm inhibitor carolacton
Other Titles: Konstruierung und Verifizierung eines Transkriptionsregulationsnetzwerks von Streptococcus mutans in Reaktion auf die Behandlung mit dem Biofilminhibitor Carolacton
Konstruierung und Verifizierung eines Transkriptionsregulationsnetzwerks von Streptococcus mutans in Reaktion auf die Behandlung mit dem Biofilminhibitor Carolacton
Language: English
Authors: Sudhakar, Padhmanand 
Keywords: Streptococcus mutans ; Karies ; Biofilm-Inhibitor Carolacton ; Transkriptom ; Transkriptionsregulationsnetzwerk ; Schlüsselregulator;Streptococcus mutans ; Caries ; Biofilm inhibitor-Carolacton ; Transcriptome ; Transcriptional regulatory network ; Key regulators
Issue Date: 2014
Abstract (german): Streptococcus mutans ist ein oraler Krankheitserreger, der für die Entstehung des Zahnkaries bei Menschen verantwortlich ist. Die pathogenen Eigenschaften von S. mutans sind eng mit seiner Fähigkeit zur Biofilmbildung verbunden. Carolacton, ein neu identifizierter Sekundärmetabolit zeigt inhibierende Wirkung auf das Wachstum des Biofilms von S. mutans. Ein systembiologischer Ansatz wurde angewendet, um mittels Reverse Engineering aus den zeitaufgelösten Transkriptom-Daten in Kombination mit Transkriptionsfaktor-Bindungsmotifs-daten sowie experimentelle Validierungen die angestrebte Konstruktion des regulatorischen Transkriptionsnetzwerks zu realisieren. Die Deletion des Transkriptionsregulators cysR, der die höchste Konnektivität unter den identifizierten regulatorischen Netzwerkknoten aufwies, führte zu einem Mutant, auf den Carolacton keine Wirkung mehr zeigte.
Abstract (english): Streptococcus mutans is a biofilm forming oral pathogen primarily responsible for causing human dental caries. To infer the underlying network mediating the growth inhibitory effect of a newly identified secondary metabolite carolacton on S. mutans biofilms, the transcriptional regulatory response network (TRRN) of S. mutans biofilms upon carolacton treatment was constructed using a systems biology approach combining time-resolved transcriptomic data, reverse engineering, transcription factor binding sites, and experimental validation. From the inferred TRRN, predicted transcriptional regulatory interactions were confirmed using interaction studies. Sensitivity testing of deletion mutants of key regulators from the predicted network identified the cysteine metabolism regulator CysR as being essential for the response of S. mutans biofilms to carolacton.
URI: http://tubdok.tub.tuhh.de/handle/11420/1203
DOI: 10.15480/882.1201
Institute: Bioprozess- und Biosystemtechnik V-1 
Faculty: Verfahrenstechnik
Type: Dissertation
Advisor: Zeng, An-Ping 
Thesis grantor: Technische Universität Hamburg
Appears in Collections:Publications (tub.dok)

Files in This Item:
File Description SizeFormat
PadhmanandSudhakar_thesis_formatted_genehmigteversion_11Nov_FINAL.pdf7,77 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record

Page view(s)

331
Last Week
2
Last month
9
checked on May 20, 2019

Download(s)

568
checked on May 20, 2019

Google ScholarTM

Check

Export

Items in TORE are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.