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Verlagslink DOI: 10.1186/1471-2105-14-322
Titel: 3DScapeCS : application of three dimensional, parallel, dynamic network visualization in Cytoscape
Sprache: English
Autor/Autorin: Wang, Qi 
Tang, Biao 
Song, Lifu 
Ren, Biao 
Liang, Qun 
Xie, Feng 
Zhuo, Ying 
Liu, Xueting 
Zhang, Lixin 
Schlagwörter: flux balance analysis;network visualization;layout algorithm;graph layout;motion graph
Erscheinungsdatum: 14-Nov-2013
Verlag: BioMed Central ; Springer
Quellenangabe: BMC Bioinformatics 1 (14): 322 (2013)
Zeitschrift oder Schriftenreihe: BMC bioinformatics 
Zusammenfassung (englisch): Background: The exponential growth of gigantic biological data from various sources, such as protein-protein interaction (PPI), genome sequences scaffolding, Mass spectrometry (MS) molecular networking and metabolic flux, demands an efficient way for better visualization and interpretation beyond the conventional, two-dimensional visualization tools.Results: We developed a 3D Cytoscape Client/Server (3DScapeCS) plugin, which adopted Cytoscape in interpreting different types of data, and UbiGraph for three-dimensional visualization. The extra dimension is useful in accommodating, visualizing, and distinguishing large-scale networks with multiple crossed connections in five case studies.Conclusions: Evaluation on several experimental data using 3DScapeCS and its special features, including multilevel graph layout, time-course data animation, and parallel visualization has proven its usefulness in visualizing complex data and help to make insightful conclusions.
URI: https://tubdok.tub.tuhh.de/handle/11420/2003
DOI: 10.15480/882.2000
ISSN: 1471-2105
Institut: Bioprozess- und Biosystemtechnik V-1 
Dokumenttyp: (wissenschaftlicher) Artikel
Enthalten in den Sammlungen:Publications (tub.dok)

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